jeudi 30 avril 2015

NCBI 1.0









Matériel supplémentaire

La biologie moléculaire dépend en grande partie de l'étude des séquences d'ADN auxquelles correspondent les différents gènes qui permettent à chaque cellule vivante de fonctionner. Ces séquences d'ADN, au point de vue moléculaire, sont une suite de quatre molécules distinctes agencées en une longue chaîne. C'est l'ordre dans lequel ces quatre molécules sont arrangées qui permet de dicter la fonction de chaque gène.

Nous disposons depuis quelques décennies de technologies nous permettant de "lire" la séquence de l'ADN ou, pour être plus précis, de déterminer l'ordre dans lequel les quatre molécules ci-haut mentionnées sont agencées dans chaque gène. Chacune desdites molécules est représentée par une lettre: un A, un C, un G ou un T (chacune de ces lettres est l'initiale d'un groupement distinct sur chacune de ces molécules). Et donc, la séquence de chaque gène est toujours une suite de ces quatre lettres, dans un ordre qui lui est propre.

Où peut-on avoir accès à ces informations? Y a-t-il un gros livre, quelque part, qui dit que la séquence du gène de la préproinsuline humaine est ATGGCCCTGTGGATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTGGGGACCTGACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACACCTGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACACACCCAAGACCCGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGGTGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACCAGCATCTGCTCCCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAG? Non, pas vraiment, parce que d'une part la plupart des séquences génétiques sont bien plus longues que celle-là (j'en ai délibérément choisi une très courte) et parce qu'il y a bien trop de gènes, dans bien trop d'organismes, pour faire d'un tel projet de publication quelque chose de viable. La lecture en devrait d'ailleurs bien vite monotone, et en plus il faudrait recopier chaque séquence toutes les fois qu'on voudrait s'en servir.

Les séquences d'ADN sont donc conservées sous forme électronique dans des bases de données accessibles à tout un chacun; des bases de données maintenues par des organismes comme le NCBI (National Center for Biotechnology Information), le EBI (European Bioinformatics Institute) ou l'université de Californie à Santa Cruz. Ces organismes nous permettent de télécharger à volonté toutes les séquences qui puissent nous intéresser.

Bien sûr, ça n'a pas toujours été aussi facile!



mercredi 29 avril 2015

Il n'y a pas eu que Brennus et les oies...









Matériel supplémentaire

Hannibal Barca était un prince carthaginois (sa famille aurait donné son nom à la ville de Barcelone) qui, brillant général, a mené les armées de Carthage contre celles de Rome pendant près de vingt ans, durant la deuxième guerre punique. Fait intéressant, Hannibal avait mené ses troupes sur le sol même d'Italie, en passant par l'Espagne et le sud de la Gaule.

Bien qu'il ait eu des éléphants avec lui au départ, les pachydermes ne se sont pas vraiment rendus jusqu'en Italie. Les souris du capitole n'ont donc pas réellement sauvé la mise de la jeune république romaine.

Cependant, lors d'une précédente invasion (par les Gaulois du sénon Brennos, celle-là), les oies du capitole avaient effectivement sonné l'alarme (ou l'avaient criaillé, sifflé ou cacardé, pour être plus précis) et empêché une déroute totale des romains assiégés.



mardi 28 avril 2015

Ce que nous fait avaler l'industrie










Matériel supplémentaire

On l'appelle bactériothérapie fécale pour que ça sonne moins dégoûtant, mais il n'en reste pas moins qu'on parle carrément ici d'une greffe de caca.

En effet, on a déterminé lors des dernières années que le microbiome intestinal, l'ensemble des bactéries qui vivent en harmonie dans nos intestins, joue un rôle important dans le maintien de notre santé. Non seulement au point de vue de la digestion, ce qui serait assez intuitif, mais aussi au niveau de notre équilibre métabolique et immunitaire (ayant donc un rôle à jouer dans le contrôle de l'obésité, du diabète et des maladies inflammatoires des intestins).

À tel point que si un individu présente un déséquilibre au niveau de ce microbiome, il est possible d'atténuer ses problèmes de façon spectaculaire en remplaçant dans ses boyaux les bactéries du moment par celles provenant de la flore intestinale d'un individu bien portant.

lundi 27 avril 2015

Jeux de différentes générations









Matériel supplémentaire

Je présume que tous nos lecteurs sont familiers avec le jeu roche-papier-ciseaux, mais au cas où certains ne soient pas familiers avec le jeu Skyrim (et j'en fais partie, étant donné mon grand âge), voici ce qui s'y passe quand on utilise la formule "Fus-ro-dah"!

mercredi 8 avril 2015

Libre arbitre quantique










Matériel supplémentaire

Le déterminisme est une vue selon laquelle l'univers est une espèce de table de billard extrêmement complexe, sur laquelle chaque mouvement de particule (et donc chaque évènement, incluant les décisions humaines) est le résultat de mouvements (et de décisions) préalables. Assez contre-intuitivement, le déterminisme nous enseigne donc que nous ne possédons pas vraiment de libre arbitre puisque chaque décision que nous croyons prendre librement est en fait le produit d'évènements antérieurs, et du positionnement de certains atomes, de certaines molécules, de certains influx nerveux, à un moment donné. Chaque "choix" que nous faisons dans cette optique n'en est donc pas vraiment un, puisque nous n'aurions pas pu en faire un autre.

Avec un ordinateur suprêmement performant, en considérant la position et la vitesse de chaque particule de l'univers, on pourrait ainsi prédire les évènements à venir de la même façon qu'on le ferait avec des boules de billard sur une table.

D'un autre côté, en physique quantique, l'indéterminisme est au coeur de nombreuses observations. Le principe d'incertitude d'Heisenberg rend improbable le concept de super-ordinateur décrit ci-haut, puisqu'on ne peut pas connaître en même temps la position et la vitesse d'une particule élémentaire. En outre, certains évènements sont de nature probabilistique et le déterminisme ne les concerne pas (quand est-ce qu'un isotope se désintégrera? Par quelle fente passera un photon unique? Il est impossible de le prédire).

Le déterminisme à grande échelle a-t-il quelque chose à voir avec l'indéterminisme quantique? C'est un joli casse-tête pour les philosophes qui remettent vraiment le "Ph" à l'honneur dans le titre "Ph.D."